Ответ – да, могут.
И для этого вовсе не обязательно обладать сверхординарными способностями и иметь в арсенале суперутилиты для взлома. Все гораздо проще, сайт могут взломать не только в результате атак через веб.

Во-первых, взломать хорошо защищенный от веб-атак сайт могут через соседей по аккаунту. Если у веб-мастера несколько сайтов, то с наибольше вероятностью он разместит все сайты на одном аккаунте хостинга. Очень часто сайты на одном аккаунте хостинга не изолированы друг от друга, то есть cкриптами одного сайта можно вносить изменения в файлы другого сайта. И взлом одного сайта может привести к
Обидно, если на хостинге пять сайтов, четыре из которых – хорошо защищенные интернет-магазины, а пятый - блог на уязвимом WordPress’е или сайт-визитка на Joomla. И именно последний случайно оказывается в поле зрения хакера. Иногда встречаются аккаунты, на которых «царит» настоящий бардак: множество папок со старыми версиями сайтов, тестовые площадки, заброшенные веб-проекты – и все они уютно соседствуют с рабочими веб-лошадками, генерирующими прибыль.
В нашей практике были случаи, когда взломы мультисайтового аккаунта происходили в результате «незасвеченного» нигде– ни в поисковиках, ни в социальных сетях – тестового сайта на техническом домене. Если сайт открывается в браузере и доступен для пользователей, то он доступен и для хакеров.
Сайт могут взломать, перехватив доступы. Предположим, веб-мастер, находясь в кафе или посещая какое-нибудь мероприятие (конференцию, форум, выставку), начинает обновлять на сайте контент. Для подключения он использует WiFi, который раздается организаторами мероприятия. При этом подключение к панели сайта или FTP происходит по незащищенному соединению. Кто находится рядом в этот момент – неизвестно. Доступы от FTP, SSH, хостинга могут быть легко перехвачены программой-сниффером трафика, которая работает у хакера, подключенного к той же сети или через взломанный WI-FI роутер (что сейчас достаточно частое явление).